主人公柯尔的超能力这时已经得到强化，足以对抗巨兽。他和好友札克、FBI干员郭露西一起到纽马瑞继续探险，以拯救被毁灭的帝国市。“业力”系统在本作中得到了突出的强调，随着玩家善恶选择的不同，可升级的能力、市民对玩家的反应、故事线都会出现相应的变化。