《神圣天使》故事围绕突然开启的“门”而展开，因为门的开启，三个不同的世界开始融合。世界融合带来的后遗症是十几岁的少女们的身体开始发生异变，发展出了各种超能力和身体潜能，这些被统称为“异能”。同时，主宰世界平衡的“水晶”也发生了变化，为了阻止世界覆灭，四个世界必须携手，保护和培育这些拥有“异能”的少女。“青兰学园”就是一所培育“异能”少女的校园，少女们在此磨练自我，以备危急之时能够贡献自己的力量。